將熒光基團加入到PCR反應體系中，通過不斷累積熒光信號從而使對PCR全程的實時監測實現，再根據標準曲線定量分析未知模板的方法，即是熒光定量PCR技術。在實時熒光定量PCR中，實時檢測全程PCR擴增過程，按照反應時間和熒光信號的變化能夠將一條曲線繪制成。
1.熒光背景信號階段
在該階段，不能區分背景和擴增的熒光信號，不能對產物量的變化進行判斷。
2.熒光信號指數擴增階段
PCR產物量的對數值和起始模板量的線性關系僅僅在熒光累積進入指數階段才存在，因此，在PCR反應在指數階段來對PCR產物的量進行檢測，通過此將模板Z初的含量推斷出從而進行定量分析。由研究可知，每個模板的Ct值與該模板的起始拷貝數的對數存在線性關系，起始拷貝數越少，則Ct值越大。由已知起始拷貝數的標準品能夠將標準曲線獲得，僅需將未知樣品的Ct值得到，就能夠根據標準曲線將該樣品的起始拷貝數計算出來。
3.平臺期
在平臺期，擴增產物指數級的增加不再存在，因此反應終產物量與起始模板量之間也不存在。起始DNA拷貝數也不能夠根據反應終產物計算出來。
檢測方法
1.TaqMan探針法
當探針完整時，淬滅基團吸收報告基團發射的熒光信號。PCR擴增時，探針在Taq酶的5’-3’外切酶活性作用下酶切降解，分離開了淬滅熒光基團和熒光基團，從而使熒光信號能夠被熒光監測系統接收到。也就是每有一條DNA鏈擴增，就會形成一個熒光分子，使PCR產物的形成與熒光信號的累積的*同步實現。
2.SYBRGreenⅠ法
在PCR反應體系中，將過量SYBR熒光染料加入，SYBR熒光染料特異性地摻入DNA雙鏈后，將熒光信號發射出來，而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會有任何熒光信號發射出來，從而使PCR產物的增加和熒光信號的增加得到保證。
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